Weerstand vanuit de kerk:
Gedurende de jaren kwam Antonides steeds kritischer te staan tegenover de kerk. Wumkes (1949) zegt hierover: "Rondweg spreekt hij uit dat daarin velerlei zonde is. Hij legt bloot de knopen der godloosheid, banden des joks die losgemaakt moeten worden, een overblijfsel van de Antichrist" het algemeen priesterschap der gelovigen houdt hij hoog. Hij keurt af dat de ouderlingen verkort worden in hun deugdelijk recht en hun niet wordt toegestaan te spreken als van Jehova geleerd".
De Witte (2010) zegt hierover: "Following his devotion to Coccejus ideas, he came in conflict with the orthodox
opinions of the Church at that time. His ‘Book of Job’ e.g. was considered far too mystical and
even worse were the opinions on his book ‘Pronouncement on the Letters of the Holy Apostle
Jakobus’".
Antonides pleit steeds meer voor een vrijere eredienst en een meer profetische prediking.
Hij weet dat zijn houding en uitspraken gevolgen gaan hebben. Wumkes (1949) zegt hierover: "Hij weet hiermede krasse dingen te zeggen en heeft een voorgevoel dat dit niet ongestraft geschiedt".
Een ware storm storm stak tegen Antonides op. Hij moest zich meerdere malen verantwoorden tegenover de kerk. Uiteindelijk wordt er een middenweg gevonden. Wumkes (1949) zegt hierover: "......maar uit eerbied en godsvrucht van de auteur verzocht zij de synode om niet op 't strictste maar sachtelyck tot sijne behoudenisse te handelen".
Dit monde uit in een predicatie: ".... over de gelijkenis van de wijngaard (Matth. 21: 33-46) waarin hem was opgelegd te verklaren ter oorzake van vroegere minder gunstige uitlatingen, dat de predikdienst een goddelijke instelling was".